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    2019年度“中国生物信息学十大数据库”公布

    ADMIN | 2020-02-14 12:39:36.0

    为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究,充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果,《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics& Bioinformatics简称GPB)于2018年首次组织评选了年度中国生物信息学十大进展,得到了广泛认可。在此基础上,2019年度中国生物信息学进展评选工作增设了分类评选,由领域同行专家首先评选出了2019年度中国生物信息学十大数据库中国生物信息学十大算法和工具中国生物信息学十大应用;并在分类评选的入选工作中进一步评选,产生2019年度中国生物信息学十大进展

    现公布2019年度中国生物信息学十大数据库评选结果(排名不分先后),后续将陆续公布2019年度 “中国生物信息学十大算法和工具中国生物信息学十大应用的评选结果; “中国生物信息学十大进展的详细介绍最后发布,敬请关注!

    发展创新助生信、众志成城战疫情。金鼠之年伊始,GPB祝愿大家平安健康,让我们在各自的岗位上做好自己的工作,为国民健康和国家发展贡献力量。Be a better me, be a better you, for a better us。中国加油!

                                                                                               GPB

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    An expanded landscape of human long noncoding RNA

    研究团队

    北京大学高歌团队

    数据库链接

    http://reflnc.gao-lab.org/

    原文信息

    Jiang S, Cheng SJ, Ren LC, Wang Q, Kang YJ, Ding Y, et al. An expanded landscape of human long noncoding RNA. Nucleic Acids Res2019;47:7842–56. PMID: 31350901.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gkz621


    AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors

    研究团队

    华中科技大学郭安源团队

    数据库链接

    http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB

    原文信息

    Hu H, Miao YR, Jia LH, Yu QY, Zhang Q, Guo AY. AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors. Nucleic Acids Res 2019;47:D33–8. PMID: 30204897.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky822


    CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse

    研究团队

    哈尔滨医科大学李霞肖云团队和哈尔滨医科大学附属第一医院赵婷婷

    数据库链接

    http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker

    原文信息

    Zhang X, Lan Y, Xu J, Quan F, Zhao E, Deng C, et al. CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res 2019;47:D721–8. PMID: 30289549.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky900


    gcMeta: a Global Catalogue of Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysis of microbiome data

    研究团队

    中国科学院微生物研究所吴林寰马俊才团队

    数据库链接

    https://gcmeta.wdcm.org/

    原文信息

    Shi W, Qi H, Sun Q, Fan G, Liu S, Wang J, et al. gcMeta: a Global Catalogue of Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysis of microbiome data. Nucleic Acids Res 2019;47:D637–48. PMID: 30365027.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky1008


    GenTree, an integrated resource for analyzing the evolution and function of primate-specific coding genes

    研究团队

    中国科学院动物研究所张勇团队

    数据库链接

    http://gentree.ioz.ac.cn/

    原文信息

    Shao Y, Chen C, Shen H, He BZ, Yu D, Jiang S, et al. GenTree, an integrated resource for analyzing the evolution and function of primate-specific coding genes. Genome Res 2019;29:682–96. PMID: 30862647.

    原文链接

    https://doi.org/10.1101/gr.238733.118


    HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA–disease associations

    研究团队

    河北工业大学李建伟团队和北京大学周源崔庆华团队

    数据库链接

    http://www.cuilab.cn/hmdd

    原文信息

    Huang Z, Shi J, Gao Y, Cui C, Zhang S, Li J, et al. HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Res 2019;47:D1013–7. PMID: 30364956.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky1010


    iDog: an integrated resource for domestic dogs and wild canids

    研究团队

    中国科学院昆明动物研究所王国栋团队和中国科学院北京基因组研究所赵文明团队

    数据库链接

    http://bigd.big.ac.cn/idog

    原文信息

    Tang B, Zhou Q, Dong L, Li W, Zhang X, Lan L, et al. iDog: an integrated resource for domestic dogs and wild canids. Nucleic Acids Res 2019;47:D793–800. PMID: 30371881.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky1041


    LncBook: a curated knowledgebase of human longnon-coding RNAs

    研究团队

    中国科学院北京基因组研究所马利娜章张团队

    数据库链接

    http://bigd.big.ac.cn/lncbook

    原文信息

    Ma L, Cao J, Liu L, Du Q, Li Z, Zou D, et al. LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs. Nucleic Acids Res 2019;47:D128–34. PMID: 30329098.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky960


    PGG.SNV: understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations

    研究团队

    中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所徐书华团队

    数据库链接

    https://www.pggsnv.org

    原文信息

    Zhang C, Gao Y, Ning Z, Lu Y, Zhang X, Liu J, et al. PGG.SNV: understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations. Genome Biol 2019;20:215. PMID: 31640808.

    原文链接

    https://doi.org/10.1186/s13059-019-1838-5


    VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface

    研究团队

    中国医学科学院病原生物学研究所陈立宏团队

    数据库链接

    http://www.mgc.ac.cn/VFs/

    原文信息

    Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L, Yang J. VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res 2019;47:D687–92. PMID: 30395255.

    原文链接

    https://doi.org/10.1093/nar/gky1080