ADMIN | 2020-02-14 12:39:36.0
为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究,充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果,《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics& Bioinformatics, 简称GPB)于2018年首次组织评选了年度“中国生物信息学十大进展”,得到了广泛认可。在此基础上,2019年度中国生物信息学进展评选工作增设了分类评选,由领域同行专家首先评选出了2019年度“中国生物信息学十大数据库”、“中国生物信息学十大算法和工具”、“中国生物信息学十大应用”;并在分类评选的入选工作中进一步评选,产生2019年度“中国生物信息学十大进展”。
现公布2019年度“中国生物信息学十大数据库”评选结果(排名不分先后),后续将陆续公布2019年度 “中国生物信息学十大算法和工具”及“中国生物信息学十大应用”的评选结果; “中国生物信息学十大进展”的详细介绍最后发布,敬请关注!
发展创新助生信、众志成城战疫情。金鼠之年伊始,GPB祝愿大家平安健康,让我们在各自的岗位上做好自己的工作,为国民健康和国家发展贡献力量。Be a better me, be a better you, for a better us。中国加油!
GPB
2020年2月13日
An expanded landscape of human long noncoding RNA
研究团队:
北京大学高歌团队
数据库链接:
原文信息:
Jiang S, Cheng SJ, Ren LC, Wang Q, Kang YJ, Ding Y, et al. An expanded landscape of human long noncoding RNA. Nucleic Acids Res2019;47:7842–56. PMID: 31350901.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gkz621
AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors
研究团队:
华中科技大学郭安源团队
数据库链接:
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB
原文信息:
Hu H, Miao YR, Jia LH, Yu QY, Zhang Q, Guo AY. AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors. Nucleic Acids Res 2019;47:D33–8. PMID: 30204897.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gky822
CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse
研究团队:
哈尔滨医科大学李霞、肖云团队和哈尔滨医科大学附属第一医院赵婷婷
数据库链接:
http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker
原文信息:
Zhang X, Lan Y, Xu J, Quan F, Zhao E, Deng C, et al. CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res 2019;47:D721–8. PMID: 30289549.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gky900
gcMeta: a Global Catalogue of Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysis of microbiome data
研究团队:
中国科学院微生物研究所吴林寰、马俊才团队
数据库链接:
原文信息:
Shi W, Qi H, Sun Q, Fan G, Liu S, Wang J, et al. gcMeta: a Global Catalogue of Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysis of microbiome data. Nucleic Acids Res 2019;47:D637–48. PMID: 30365027.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gky1008
GenTree, an integrated resource for analyzing the evolution and function of primate-specific coding genes
研究团队:
中国科学院动物研究所张勇团队
数据库链接:
原文信息:
Shao Y, Chen C, Shen H, He BZ, Yu D, Jiang S, et al. GenTree, an integrated resource for analyzing the evolution and function of primate-specific coding genes. Genome Res 2019;29:682–96. PMID: 30862647.
原文链接:
https://doi.org/10.1101/gr.238733.118
HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA–disease associations
研究团队:
河北工业大学李建伟团队和北京大学周源、崔庆华团队
数据库链接:
原文信息:
Huang Z, Shi J, Gao Y, Cui C, Zhang S, Li J, et al. HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Res 2019;47:D1013–7. PMID: 30364956.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gky1010
iDog: an integrated resource for domestic dogs and wild canids
研究团队:
中国科学院昆明动物研究所王国栋团队和中国科学院北京基因组研究所赵文明团队
数据库链接:
原文信息:
Tang B, Zhou Q, Dong L, Li W, Zhang X, Lan L, et al. iDog: an integrated resource for domestic dogs and wild canids. Nucleic Acids Res 2019;47:D793–800. PMID: 30371881.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gky1041
LncBook: a curated knowledgebase of human longnon-coding RNAs
研究团队:
中国科学院北京基因组研究所马利娜、章张团队
数据库链接:
原文信息:
Ma L, Cao J, Liu L, Du Q, Li Z, Zou D, et al. LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs. Nucleic Acids Res 2019;47:D128–34. PMID: 30329098.
原文链接:
https://doi.org/10.1093/nar/gky960
PGG.SNV: understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations
研究团队:
中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所徐书华团队
数据库链接:
原文信息:
Zhang C, Gao Y, Ning Z, Lu Y, Zhang X, Liu J, et al. PGG.SNV: understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations. Genome Biol 2019;20:215. PMID: 31640808.
原文链接:
https://doi.org/10.1186/s13059-019-1838-5
VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface
研究团队:
中国医学科学院病原生物学研究所陈立宏、杨剑团队
数据库链接:
原文信息:
Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L, Yang J. VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res 2019;47:D687–92. PMID: 30395255.
原文链接: