ADMIN | 2020-02-16 12:59:57.0
为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB）于2018年首次组织评选了年度“中国生物信息学十大进展”，得到了广泛认可。在此基础上，2019年度中国生物信息学进展评选工作增设了分类评选，由领域同行专家首先评选出了2019年度“中国生物信息学十大数据库”、“中国生物信息学十大算法和工具”、“中国生物信息学十大应用”；并在分类评选的入选工作中进一步评选，产生2019年度“中国生物信息学十大进展”。
现公布2019年度“中国生物信息学十大应用”（排名不分先后，按题目首字母顺序排序）。之前已公布“中国生物信息学十大数据库”和“中国生物信息学十大算法和工具”的评选结果。明天将最后发布 “中国生物信息学十大进展”的详细介绍，敬请关注！
发展创新助生信、众志成城战疫情。金鼠之年伊始，GPB祝愿大家平安健康，让我们在各自的岗位上做好自己的工作，为国民健康和国家发展贡献力量。Be a better me, be a better you, for a better us。中国加油！
GPB
2020年2月16日
1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses
研究团队：
深圳华大生命科学研究院肖亮、贾慧珏、李俊桦团队
数据库链接：
https://db.cngb.org/cnsa/project/CNP0000126/public/
原文信息：
Zou Y, Xue W, Luo G, Deng Z, Qin P, Guo R, et al. 1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses. Nat Biotechnol 2019;37:179–85. PMID: 30718868.
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41587-018-0008-8
A pharmacogenomic landscape in human liver cancers
研究团队：
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所惠利健团队、中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所李亦学团队、中国人民解放军海军军医大学张海斌团队和南京大学附属鼓楼医院施晓雷
数据链接：
https://www.ebi.ac.uk/ega/studies/EGAS00001002237
https://www.ebi.ac.uk/ega/studies/EGAS00001001678
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE97098
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE78236
工具链接：
原文信息：
Qiu Z, Li H, Zhang Z, Zhu Z, He S, Wang X, et al. A pharmacogenomic landscape in human liver cancers. Cancer Cell 2019;36:179–93.e11. PMID: 31378681.
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.ccell.2019.07.001
Dissecting the single-cell transcriptome network underlying gastric premalignant lesions andearly gastric cancer
研究团队：
清华大学李梢团队
数据链接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134520
原文信息：
Zhang P, Yang M, Zhang Y, Xiao S, Lai X, Tan A, et al. Dissecting the single-cell transcriptome network underlying gastric premalignant lesions and early gastric cancer. Cell Rep 2019;27:1934–47.e5. PMID: 31067475.
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.04.052
Fueling ab initio folding with marine metagenomics enables structure and function predictions of new protein families
研究团队：
华中科技大学宁康、薛志东团队和密歇根大学张阳团队
数据链接：
https://zhanglabs.github.io/Tara-3D/
https://doi.org/10.5281/zenodo.3380712
原文信息：
Wang Y, Shi Q, Yang P, Zhang C, Mortuza SM, Xue Z, et al. Fueling ab initio folding with marine metagenomics enables structure and function predictions of new protein families. Genome Biol 2019;20:229. PMID:31676016.
原文链接：
https://doi.org/10.1186/s13059-019-1823-z
Genomes of subaerial Zygnematophyceae provide insights into land plant evolution
研究团队：
科隆大学Michael Melkonian（现单位杜伊斯堡-埃森大学）团队和深圳华大生命科学研究院/阿尔伯塔大学Gane Ka-Shu Wong团队
数据链接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA543679
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA543678
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA541068
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA541331
原文信息：
Cheng S, Xian W, Fu Y, Marin B, Keller J, Wu T, et al. Genomes of subaerial Zygnematophyceae provide insights into land plant evolution. Cell 2019;179:1057–67.e14. PMID: 31730849.
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.10.019
Landscape and dynamics of single immune cells in hepatocellular carcinoma
研究团队：
北京大学张泽民、任仙文、彭吉润团队和勃林格殷格翰药业公司刘康团队
数据链接：
https://bigd.big.ac.cn/gsa-human/browse/HRA000069
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140228
原文信息：
Zhang Q, He Y, Luo N, Patel SJ, Han Y, Gao R, et al. Landscape and dynamics of single immune cells in hepatocellular carcinoma. Cell 2019;179:829–45.e20. PMID: 31675496.
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.10.003
Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo
研究团队：
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾团队、中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所/北京大学韩敬东团队和中国科学院广州生物医药与健康研究院/广州再生医学与健康广东省实验室彭广敦团队
数据库链接：
http://egastrulation.sibcb.ac.cn/
原文信息：
Peng G, Suo S, Cui G, Yu F, Wang R, Chen J, et al. Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo. Nature 2019;572:528–32. PMID: 31391582.
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41586-019-1469-8
Structure and degradation of circular RNAs regulate PKR activation in innate immunity
研究团队：
中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲团队、中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所杨力团队和上海交通大学沈南团队
数据链接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122967
https://www.biosino.org/node/project/detail/OEP000216
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE126195
原文信息：
Liu CX, Li X, Nan F, Jiang S, Gao X, Guo SK, et al. Structure and degradation of circular RNAs regulate PKR activation in innate immunity .Cell 2019;177:865–80.e21. PMID: 31031002.
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.046
Whole genome analyses of Chinese population and de novo assembly of a Northern Han genome
研究团队：
中国科学院北京基因组研究所曾长青、肖景发团队
数据链接：
https://bigd.big.ac.cn/gsa/browse/CRA000631
https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/19/show
原文信息：
Du Z, Ma L, Qu H, Chen W, Zhang B, Lu X, et al. Whole genome analyses of Chinese population and de novo assembly of a Northern Han genome. Genomics Proteomics Bioinformatics 2019;17:229–47. PMID: 31494266
原文链接：